Secondo Ainsworth et al. (1973) il regno dei Funghi veniva suddiviso in due divisioni Myxomycota ed Eumycota. In quest'ultima gli autori individuavano cinque sottodivisioni: Mastigomycotina, Zygomycotina, Ascomycotina, Basidiomycotina e Deuteromycotina.
Nella più moderna rivisitazione del Regno dei Funghi (Hawksworth et al., 1995) vengono accettati come componenti solo quattro divisioni (Ascomycota, Basidiomycota, Chytridiomycota e Zygomycota) di cui si elencano di seguito i sottordinati taxa:
Divisione Ascomycota
Classe Ascomycetes
Ordine Elaphomycetales, Helotiales, Pezizales, Sphaeriales, Tuberales
Classe Dothiomycetes
Classe Pneumocystidomycetes
Classe Saccharomycetes
Classe Schizosaccharomycetes
Classe Taphrinomycetes
Divisione Basidiomycota
Classe Basidiomycetes
Sottoclasse Aphyllophoromycetidae
Ordine Cantharellales, Clavariales, Corticiales, Ganodermatales
Ordine Hericiales, Hymenochaetales, Polyporales, Thelephorales
Sottoclasse Gasteromycetidae
Ordine Lycoperdales, Sclerodermatales, Nidulariales, Phallales
Sottoclasse Hymenomycetidae
Ordine Agaricales, Amanitales, Boletales, Cortinariales
Ordine Entolomatales, Pluteales, Russulales, Tricholomatales
Sottoclasse Phragmomycetidae
Ordine Calocera
Divisione Chytridiomycota
Divisione Zygomycota
